L'histoire reprend où elle s'était terminée dans le premier film. Mowgli (Haley Joel Osment) se morfond dans son nouveau village et décide de retourner à la vie primitive de la jungle. Il laisse derrière lui sa petite amie Shanti, terrorisée par les animaux sauvages qui servent de compagnons à Mowgli. Et elle n'a pas tort; l'ennemi juré de Mowgli, le tigre Shere Khan (Tony Jay), est de retour et en veut à notre héro. Est-ce que Baloo (John Goodman) et son équipe réussiront à tirer Mowgli des griffes du dangereux fauve?